Incendies montre l’histoire de jumeaux à la suite de la mort de leur mère (Nawal) qui essaient de résoudre l’énigme qu’elle leur a laissée. Nawal, une réfugiée d’un pays moyen-oriental (que l’on présume être le Liban), a laissé deux lettres dans son testament, indiquant que ses enfants seraient obligés de trouver leur père (qu’ils croyaient mort) et leur frère (dont ils ignoraient l’existence).

La fille (Jeanne) part vers le Moyen-Orient pour accomplir son objectif en retraçant la vie de sa mère. Jeanne commence au village d’enfance de sa mère et interroge les gens concernant sa vie. Les révélations deviennent de plus en plus violentes et frappantes au cours du film. Ces révélations sont d’habitude présentées sous forme de retour en arrière, montrant Nawal comme jeune adulte durant la guerre civile.

On découvre qu’elle a eu une liaison avec un réfugié musulman et s'est retrouvée enceinte. Sa famille chrétienne n’accepte pas cela. Son frère tue le copain de Nawal et la menace aussi. Sa grand-mère accouche le bébé, le tatoue sur la cheville, et le fait adopter. Cela déclenche une série d’évènements durs et choquants. On voit Nawal d’une autre manière: comme victime de persécution, assassine, prisonnière, et réfugiée.

Finalement, le frère de Jeanne (Simon) rejoint sa sœur et ensemble ils découvrent une vérité tragique. Cela aboutit à l’explication de la cause du décès de Nawal.